明治 ８年 滝原村に滝原学校が創設される。
明治１０年 菱平村に健功学校が開校する。
明治１９年 学区は諸村ほか３か村で、本校を滝原村、支校を菱平村･西原村に置く。（本支校とも簡易科）
明治２２年 旧北佐久郡大里村で、町村制で諸村･菱平村･西原村・滝原村を合わせて学区が成立する。
明治２２年 町村制で大里村立大里尋常小学校となる。
昭和１６年 国民学校となる。
昭和２２年 新学制の大里小学校となる。
昭和２９年 大里村が小諸市に合併 して市立となる。
昭和５０年 大里地区、西小諸地区、西部地区の児童が集う水明小学校となる。
＜豊かな湧き水の里に立つ学校＞
大室の里には長野県の名水100選の「弁天の清水」があり、湧き水が豊かで学校名はこれによります。
校区には2箇所（大清水・小清水）の湧き水があり、学校専用水道でプールの水（2018年まで）・芝の散水まで供給しています。
校地内に二筋の用水路が走り、南東の隅には「蛙の滝」とよぶ落差5メートルほどの滝があります。
この水を引き、ひょうたん型の池を作り、児童の学習や憩いの場にしています。
また、平成８年には用水路で水生動植物を育て、水辺学習をする環境が整いました。
(郷土出版社 「定本信州の学び舎」より）
＜校舎から＞
天気の良い日は「富士山」が望めます。
「富士山」が見える学校は、小諸・佐久の中では水明小学校だけだそうです。
児童玄関前のロータリーからは北アルプスを望むことができます。
夕焼けの中に浮かぶ槍ヶ岳や穂高連峰はとてもきれいです。
本校からは浅間山は見えませんが、すぐ北側にある飯綱山に登ると、雄大な浅間山が見えます。
ここには、野生のカモシカが住んでいます。
また、山頂には、高原美術館があります。
ここでは本校出身の大先輩、白鳥映雪先生の日本画を鑑賞することができます。
本校の児童も年に何回か行きます。
また、隣にはハローアニマルがあります。
低学年の児童は、動物達と触れ合って楽しい時間を過ごしています。
学校のすぐ近くに、清らかな水が湧き出ている弁天清水があります。
＜小諸市の学校＞
小諸市には
小学校が６校
中学校が２校
特別支援学校が１校あります。
